El origen cierto del Hospital es confuso. Pudo nacer sobre un albergue particular que se viera potenciado por el monarca, bien en tiempos de Sancho Ramírez hacia 1078, o quizás más tarde, en tiempos de su hijo Pedro I. Posteriormente, recibió donaciones del conde de Bearn, Gastón IV el Cruzado, y de Alfonso I El Batallador.

La comunidad de frailes de Somport pronto extendió su área de actuación a otros puntos del Camino de Santiago por Aragón, Francia, Navarra y Castilla creando destintas encomiendas y viviendo su momento de esplendor entre los siglos XII y XIII.

Pero en 1569 Juan de Gurrea, gobernador de Aragón, pidió a los religiosos de Santa Christina que abandonaran sus dependencias y se instalaran en la encomienda de Jaca. En 1593, la comunidad de monjes del Somport fue disuelta. El abandono y distintas guerras posteriores redujeron a ruinas el antiguo Hospital y Monasterio.