Situada al norte del conjunto, la iglesia cierra por este lado el recinto, incorporando al sistema defensivo la torre y los ábsides. A los pies está adosada la casa abadiá y, al sur, separado por una tapia, el cementerio.

Está constuida en sillarejo de piedra caliza.

Presenta nave única de grandes dimensiones con dos capillas laterales y cabecera de tres ábsides, construidos sobre una cripta, comunicados entre sí y con el frente cerrado los laterales, de forma que queda abierto a la nave únicamente el ábside central.

Su disposición sobre el terreno abrupto permite la presencia de la cripta a un nivel inferior. Tuvo acceso desde ambos de la nave, estando actualmente practicable únicamente el del lado de la Epístola. Está formada por tres ábsides de escasa altura, precididos de tramos rectos, quedando comunicados por un corredor transversal; los tramos rectos se cubren con bóveda de cañon y los ábsides con cuarto de esfera.

La nave se cubre con bóveda de cañon, igual que los tramos rectos que anteceden a los ábsides, y estos lo hacen con cuarto de esfera. La nave se amplió con una capilla a cada lado, a las se cubrió con bóveda de cañon; a los pies se colocó un coro de madera sobre arco rebajado y comunicado con la abadía.