Los orígenes del monasterio de Sant Quirze de Colera son confusos, según un documento considerado falso (aunque no en su totalidad) es posible que hacia el año 785 se hubieran instalado en este lugar varios miembros de una misma familia dirigidos por los hermanos Libuci y Assinari.

Los impulsores de la iniciativa se habrían puesto al frente para fundar un monasterio en este lugar con una autorización otorgada por Carlomagno. Antes del año 815 consiguieron un precepto real donde se menciona ya el monasterio, al tiempo que lo hacía beneficiario de diversos bienes. A pesar de la poca fiabilidad de estos datos, se han descubierto importantes elementos arquitectónicos y sepulturas de aquella época que demuestran, al menos, su antigüedad. Aquel precepto de Carlomagno habría significado el punto de salida de una serie de donaciones y fundaciones de parroquias bajo la dirección del monasterio de Sant Quirze. Más adelante el monasterio, que era una fundación particular propiedad de la familia de los fundadores, recibió de éstos la propiedad de los bienes. Después de un intento de intromisión por parte del conde Alaric de Empúries, el abad de Sant Quirze pidió el 844 a Ludovico Pío el reconocimiento de la fundación y de los derechos adquiridos.

Después de un periodo sin noticias, posiblemente motivado por algunas incursiones bélicas, el monasterio ya se encuentra mencionado de manera fehaciente en el año 927, en un documento donde figura el nombre de su abad, Manuel, lo que marca el comienzo de un período de crecimiento. El 935 el obispo de Girona inauguró la iglesia monástica, levantada gracias a la ayuda económica del conde Gausbert de Empúries, que benefició Sant Quirze con más propiedades y derechos. En los años siguientes Colera intervino decididamente en diversos actos relativos a otros centros monásticos del entorno. El año 1123, el obispo Berenguer de Girona presidió la ceremonia de consagración de la nueva iglesia y en ese momento también se mencionaba la iglesia de Santa Maria. En los años siguientes se continuaron registrando importantes donaciones a su favor.

En 1285 y aún en 1288 sufrió los efectos del paso de tropas francesas a raíz de los conflictos bélicos entre los ejércitos de Felipe el Atrevido y la Corona de Aragón. En el siglo XV comienzan a encontrarse indicios de decadencia y de la existencia de abades comendatarios. Hay constancia de que en 1441 el claustro se encontraba en peligro de ruina. En 1592 el monasterio fue suprimido, extinguiéndose la comunidad, que se integró con la de Sant Pere de Besalú. Con la exclaustración de 1835, los bienes de este último monasterio fueron subastados y Sant Quirze de Colera pasó a manos del militar y político Ramón de Nouvilas. Los edificios fueron utilizados con fines agrícolas y abandonado en ocasiones. En 1931 fue declarado Monumento Nacional y en los últimos tiempos se han hecho trabajos de excavación y obras de consolidación y restauración.

El edificio más importante del conjunto es su iglesia, de tres naves, con transepto donde se abren tres ábsides. Hay restos del claustro, de elementos fortificados, dependencias que rodean el claustro y el palacio abacial. A poniente del conjunto está la pequeña iglesia parroquial románica de Santa Maria.