Esta fortificación, de planta pentagonal, fue construida a finales del siglo XVI (las obras se inician en 1592). Conserva todas y cada una de sus partes características: foso, baluartes, escarpas, cuarteles, polvorines, túneles… además de una hermosa entrada a la que se accede mediante un puente levadizo.

Su construcción fue encomendada a Tiburcio Spannocchi, ingeniero de origen italiano. Tiburcio estaba al servicio de Felipe II, dentro de un programa de defensa de la frontera aragonesa con Francia, cuyo punto principal sería precisamente el Castillo de San Pedro. Este eligió para la construcción del castillo unos terrenos extramuros, conocidos como Burnao.

El modelo para esta fortificación corresponde ya a los nuevos esquemas de arquitectura militar derivados del uso de la artillería, en la que predominaban los muros más bajos y gruesos, con taludes y emplazamientos específicos para cañones y otras bocas de fuego. Este sistema constructivo fue denominado traza a la italiana.

Desde su construcción, el Castillo de San Pedro ha mantenido guarnición militar presente dentro de sus muros. Sin embargo, las vicisitudes bélicas que lo han acompañado son escasas, siendo la más destacada la ocurrida durante la guerra de la Independencia. El 21 de marzo de 1809 fue tomado por las tropas francesas ante la capitulación de la ciudad y el escasísimo número de tropas que la defendían. Los soldados españoles, al mando del General Espoz y Mina recuperaron el castillo el 17 de febrero de 1814*, tras varios meses de asedio. A partir de entonces, el castillo ha ido perdiendo importancia estratégica. Sus muros y edificios deteriorados fueron magníficamente restaurados en 1968, siendo merecedora del premio "Europa Nostra".

En la actualidad, el Consorcio del Castillo de San Pedro está formado por el Ministerio de Defensa, la Diputación Provincial de Huesca y el Ayuntamiento de Jaca. Estos se encargan de potenciar el valor cultural del castillo  y gestionar las actividades relativas a su conservación, restauración y revitalización.