El origen de la iglesia y comunidad de Santa Maria de Mig Aran (Mijaran) es bastante confuso debido a la falta de documentación. Legendaramente se sitúa su fundación en el siglo VIII, o incluso sus inicios se vinculaban con Carlomagno. Lo cierto es que el documento más antiguo conocido es cuando esta iglesia recibió en 1175 el beneficio de un diezmo otorgado por el rey Alfonso el Casto, pero en ese momento no consta ningún tipo de comunidad. En 1265 Jaime I celebró un acto público en esta iglesia.

A mediados del siglo XIV (quizá desde la primera década de ese siglo) se había establecido una comunidad agustiniana en este lugar, con frailes que procedían de Tolosa (entonces, y hasta el 1801, el Valle de Arán dependía eclesiásticamente de Francia, y concretamente del obispado de Saint Bernard de Comminges). El año 1439 se celebró en esta casa un capítulo general de los agustinos (conocidos como eremitas de San Agustín) de la provincia de Tolosa. Este convento resultó destruido en un conflicto bélico (1472) y los agustinos regresaron a su lugar de origen.