El lugar de Gualter es conocido desde època muy antigua, fue cedido al monasterio de Ripoll por el conde Wifredo el Velloso, que lo habría ocupado antes del 890. Ya en el siglo XI, Ermengol IV de Urgell (conde entre 1065 y 1092 ) intervino para que Ripoll fundara un priorato en la iglesia de Santa Maria de Gualter y con este objetivo le hizo varias donaciones de bienes y beneficios en este territorio.

El 1069 o 1079 (la fecha es dudosa) los condes de Urgell (Ermengol IV y su esposa Llúcia de la Marca) dotaron el monasterio de Gualter en lo que se considera la fundación de esta casa monástica. Se sabe que en 1086 Ramón era su prior. En 1207 el obispo de Urgell, Pere de Puigverd, el abad de Ripoll y otras autoridades eclesiásticas consagraron la iglesia del priorato de Santa Maria de Gualter. Los condes de Urgell, en especial Ermengol VIII, continuaron favoreciendo el monasterio, que acumuló un amplio patrimonio, a pesar de todo nunca pasó de ser un pequeño priorato, que contaba sólo con un prior, cuatro monjes y algunos presbíteros beneficiados.

La vida monástica decayó mucho en el siglo XV y el papa Clemente VIII lo suprimió totalmente en 1593 cuando ya no debía mantener comunidad, el patrimonio de Gualter y sus rentas se añadieron a las del capítulo de Solsona. En adelante fue una simple iglesia parroquial, y mantuvo esta condición hasta 1936. Durante la guerra Civil la iglesia fue convertida en un polvorín y el 1939, durante la retirada republicana, fue dinamitada. El lugar aún está en ruina aunque en los últimos años se han hecho trabajos de consolidación y acondicionamiento de los restos que todavía muestran la grandiosidad que tenía la iglesia que se había consagrado en 1207. El claustro también se ha restaurado y las dependencias anexas han sido adaptadas como sede del Ayuntamiento de la Baronia de Rialb.