El monasterio de Sant Joan les Fonts se remonta a los alrededores del año 958 y fue dedicado a San Juan Bautista. Del siglo XI al XV, dependía de San Víctor de Marsella, luego pasó a formar parte del dominio del monasterio de Sant Pere de Besalú hasta el año 1592, momento en que pasó a ser de Sant Pere de Camprodon hasta el siglo XIX.

Durante los terremotos del siglo XV el claustro y las antiguas construcciones del complejo monacal quedaron muy dañadas, hasta el extremo de que, con el tiempo se terminaron derribando, excepto la iglesia, que es el único edificio del monasterio que ha llegado a nuestros días.

La iglesia es de estilo románico con planta basilical, de forma rectangular, compuesta por tres naves, una central y dos laterales. Destaca el gran ábside y dos absidiolos a cada lado del ábside central, una de las que se perdió el siglo XVIII. Del interior destaca la decoración de los capiteles, la pila bautismal del siglo XII y las diferentes obras de arte expuestas a las naves laterales, entre las que se encuentra una réplica de la Majestad de Sant Joan les Fonts.

En 1982 fue declarada Bien Cultural de Interés Nacional por la Generalitat de Catalunya.